O dia começou com chuva, que persistiu e causou atrasos na programação. A largada teve que ser realizada sob o regime do Safety Car devido às condições escorregadias da pista. Após sete voltas, finalmente a corrida começou a se normalizar. David Coulthard assumiu a liderança, enquanto vários incidentes ocorriam ao longo da corrida.
Nick Heidfeld abandonou a prova devido a problemas no motor, e na volta 16, Justin Wilson também enfrentou dificuldades semelhantes, encerrando sua participação. A corrida parecia estar cheia de surpresas.
Entretanto, a corrida se tornou ainda mais tumultuada. Ralph Firman teve a suspensão quebrada, colidindo com Olivier Panis e acionando novamente o Safety Car. Mais tarde, na volta 25, Antônio Pizzonia e Juan Pablo Montoya colidiram na Curva do Sol. Michael Schumacher sofreu um acidente semelhante na volta 27, tornando a prova ainda mais dramática.
O caos persistiu quando Jenson Button também bateu na Curva do Sol na volta 33. Então, na volta 47, Rubens Barrichello, que havia assumido a liderança da corrida, precisou abandonar devido a uma pane seca, desapontando os fãs locais.
Na volta 54, Mark Webber sofreu um acidente impressionante na Curva do Café, forçando a entrada do Safety Car novamente. O espanhol Fernando Alonso também se envolveu no acidente, batendo em um dos pneus do carro de Webber. Devido à gravidade dos acidentes, a bandeira vermelha foi agitada, encerrando a corrida de maneira abrupta.
No entanto, as controvérsias não terminaram aí. Kimi Räikkönen havia assumido a liderança na volta 53, mas Giancarlo Fisichella o ultrapassou na volta 54. De acordo com o regulamento, o resultado final deveria ser baseado nas posições da corrida duas voltas antes do encerramento. Os fiscais declararam que a bandeira vermelha foi sinalizada na volta 55, estabelecendo oficialmente as posições na volta 53. No entanto, evidências em vídeo posteriormente revelaram que Fisichella havia passado a volta 56 antes da interrupção da corrida.
Depois que as evidências foram apresentadas à FIA, Giancarlo Fisichella foi finalmente reconhecido como o vencedor do GP do Brasil de 2003, encerrando um dos desfechos mais polêmicos da história da Fórmula 1.
Curiosamente, esta foi a primeira vitória de Fisichella na categoria e a última vitória da equipe Jordan. Além disso, marcou a última vitória e pódio da Ford na Fórmula 1. O finlandês Kimi Räikkönen, da McLaren, consolidou sua liderança no campeonato com esta vitória, chegando a 26 pontos na classificação.
Essa corrida no Autódromo de Interlagos permanecerá como um dos momentos memoráveis na história da Fórmula 1